Untuk Honda Vario 125 CBS hadir dengan pilihan warna Sporty Red dan Sporty Black, sedangkan varian CBS-ISS hadir dengan pilihan warna Advance Matte Blue, Advance Matte White dan Advance Matte Black.
Berikut ini daftar harga yang ditawarkan untuk memboyong Honda Vario 125 versi terbaru yang dikutip dari situs resmi Honda.
| Varian | Harga |
| Honda Vario 125 CBS | Rp. 22,350,000 |
| Honda Vario 125 CBS-ISS | Rp. 24,000,000 |
| Honda Vario 125 CBS-ISS SP | Rp. 24,250,000 |