Untuk spesifikasinya sendiri, Yamaha YZF-R1 ini dibekali dengan mesin berkapasitas 998cc Inline Crossplane yang mampu menghasilkan tenaga maksimal 197 Horse Power di 13.500 rpm dengan torsi puncak yang mampu diraih berada di 112,4 Nm di 11.500 rpm.

Super sport dari Yamaha ini memang hadir dengan dua versi, yaitu YZF-R1 dan YZF-R1M. Kedua versi ini memiliki perbedaan yang sangat tipis layaknya perbedaan huruf  ‘M’ saja.

Huruf ‘M’ ini memiliki makan yang terinspirasi dari teknologi MotoGP layaknya Yamaha M1. Perbedaan yang pertama terletak pada sentuhan karbon di beberapa titik pada bodi YZF-R1M. sedangkan pada YZF-R1 masih menggunakan bodi full plastik ABS seperti motor pada umumnya.

Perbedaan selanjutnya terletak pada ukuran ban yang digunakan. Kemudian perbedaan lainnya terletak pada bagian suspensi depan, YZF-R1M menggunakan suspensi depan dan belakang produk dari Ohlins yang sudah elektronik suspension system.

Sedangkan pada YZF-R1 masih menggunakan suspensi produk dari Kayaba yang harus disetel secara manual karena belum termasuk elektronik suspension system.